La scena del prologo ritrae una notte d'autunno mentre un ragazzo di 15 anni (il protagonista del gioco) è in fuga da due agenti di polizia. Un uomo, rispettato dalla polizia, decide di occuparsi della situazione da solo. L'uomo porta il ragazzo in una caffetteria, dove il ragazzo spiega che è scappato dall'orfanotrofio per scoprire dove si trovano i suoi genitori. L'uomo si presenta come un detective privato di nome Shunsuke Utsugi, e convince il ragazzo a diventare il suo assistente. Qualche mese dopo, Utsugi e il protagonista ricevono una telefonata per esaminare una scena del crimine. La vittima del delitto è una studentessa al primo anno del liceo di nome Yoko Kojima. Il protagonista inizia a raccogliere informazioni dalla Ushimitsu High School per risolvere il caso di Yoko e collegarlo al caso Genjiro Kaneda, con l'aiuto dei due amici di Yoko del liceo: una ragazza di nome Ayumi Tachibana e un ragazzo di nome Hitomi Kawaii. Ben presto emerge che Yoko stava portando avanti un'indagine su "The Tale of the Girl Who Stands Behind", una voce riguardante lo spettro di una ragazza coperta di sangue che sta dietro a uno studente, e il trio si mette in moto per scoprire la verità dietro questa voce.