La scena del prologo ritrae una notte autunnale in cui un ragazzo di 15 anni (il protagonista del gioco) è in fuga da due poliziotti. Un uomo, rispettato dalla polizia, decide di occuparsi della situazione da solo. L'uomo porta il ragazzo in una caffetteria, dove il ragazzo spiega di essere scappato dal suo orfanotrofio per scoprire dove si trovano i suoi genitori. L'uomo si presenta come un detective privato di nome Shunsuke Utsugi, e convince il ragazzo a diventare il suo assistente. Qualche mese dopo, Utsugi e il protagonista ricevono una telefonata per esaminare una scena del crimine. La vittima dell'omicidio è una studentessa del primo anno di liceo di nome Yoko Kojima. Il protagonista inizia a raccogliere informazioni dal liceo Ushimitsu per risolvere il caso di Yoko e collegarlo al caso di Genjiro Kaneda, con l'aiuto delle due compagne liceali di Yoko; una ragazza di nome Ayumi Tachibana e un ragazzo di nome Hitomi Kawaii. Ben presto emerge che Yoko era profondamente coinvolta in un'indagine su "The Tale of the Girl Who Stands Behind", una diceria riguardante un fantasma di una ragazza insanguinata che sta dietro a uno studente, e il trio parte per scoprire la verità dietro questa diceria.