Il gioco principale di Puyo Puyo si gioca contro almeno un avversario, computer o umano. Il gioco stesso ha tre modalità: Single Puyo Puyo, Double Puyo Puyo e Endless Puyo Puyo. Nella modalità Single, il giocatore assume il ruolo di Arle Nadja, una incantatrice di 16 anni che ha il piacere di ostacolare i piani di Dark Prince. Dark Prince desidera conquistare il mondo, e Arle gli si para davanti. Di conseguenza, Arle deve prima affrontare 12 avversari prima di fronteggiare Dark Prince. Tranne Rulue, non sono inviati dal Dark Prince, e per lo più vogliono solo combinare marachelle con lei (per Rulue, lei si è innamorata del Dark Prince). Una volta che Arle avrà battuto Dark Prince, il mondo sarà salvo e lei potrà tornare a casa. Come in tutti i giochi principali di Puyo, la modalità storia consiste nel giocare partite di Puyo contro una sequenza fissa di personaggi in uno dei tre percorsi. Nella modalità Double, due giocatori si sfidano l'uno contro l'altro. Nella stessa maniera di prima, sfidandosi a vicenda in catene, il giocatore cerca di riempire la griglia dell'avversario. Poiché le regole che prevedevano l'invio di così tanti blocchi di scarto rendevano i giochi di breve durata, nonostante quante catene venissero inviate, Compile introdusse la regola dell'Offsetting a partire da Puyo Puyo 2 e versioni successive. Questo permette ai giocatori di contrastare gli attacchi degli avversari con catene proprie, rinviando qualunque blocco di scarto a loro come risultato di overflow. Nella modalità Endless, il giocatore deve costantemente abbinare i Puyos per ottenere il punteggio più alto possibile. Nella modalità Mission, il giocatore deve completare 52 missioni che richiedono che i Puyos sul campo vengano eliminati usando pezzi limitati.