Air Fortress ha una trama di invasione aliena piuttosto tipica: le persone del pianeta Farmel, avendo recentemente acquisito la tecnologia per i viaggi nello spazio, esploravano con entusiasmo la galassia solo per trovare una mandria di mostruose "Air Fortresses" che si muovevano nella loro direzione. Come le creature del film successivo Independence Day, le Fortresses si comportano come locuste interstellari, consumando tutte le risorse e gli esseri viventi sul loro cammino. La Space Federation invia la sua flotta più potente, ma essa viene rapidamente eliminata dalle Fortresses potenti. In un'ultima mossa, inviano un singolo guerriero (Hal Bailman), dotato di una tuta spaziale schermata, armi potenti e una piccola navetta leggera per infiltrarsi nelle Fortresses e distruggerle dall'interno verso l'esterno.