Nel 199X, il mondo fu rasa al suolo da un bombardamento di missili, e i sopravvissuti al cataclisma furono costretti a vivere nei rifugi. Ormai è il 2036, e due amici stanno giocando a un videogioco chiamato 'Devil Busters' nel rifugio Keihin numero 3. Poco dopo aver sconfitto il primo boss, liberano Pazuzu. Il demone dà loro il Demon Summoning Program, nella speranza di usarlo per la sconfitta di Bael, insieme a un avvertimento su una minaccia imminente. Quindi i demoni iniziano a razzare il rifugio e i due amici devono salvare i resti dell'umanità.