Su un pianeta a 6000 anni luce dalla Terra c'erano creature chiamate Exes, che somigliano a grandi insetti e venivano impiegate per scopi industriali. Tuttavia, queste creature un giorno si ribellarono ai loro creatori. Due macchine da battaglia sono state inviate per combattere gli Exes, note come Colonel e Sargent. Gli Exes stanno per completare la loro arma segreta, Exed Exes, e devono essere sconfitti prima che ciò possa accadere! Exed Exes è uno sparatutto verticale a scorrimento di base; il gioco scorre in avanti e il giocatore può muovere la propria nave sullo schermo per sparare ai nemici e evitare gli attacchi. Le icone POW a volte appaiono che possono potenziare la nave o trasformare i nemici in frutti che valgono punti extra. Il gioco può essere giocato sia in solitaria sia in cooperativa a due giocatori.