Il protagonista controllato dal giocatore è un vagabondo non identificato. Non ha nome, anche se la versione giapponese permette al giocatore di sceglierne uno. Il gioco inizia quando si avvicina a Eolis, la sua città natale, dopo un’assenza, per trovarla in rovina e praticamente abbandonata. Peggio ancora, la città è sotto l’attacco dei nani. Il re degli Elfi spiega che l’acqua della fontana degli Elfi, fonte della loro vita, si è fermata e fornisce al protagonista 1500 monete d’oro, la valuta del gioco, per prepararsi al viaggio per scoprirne la causa. Man mano che la storia si sviluppa, si scopre che gli Elfi e i nani vivevano in armonia tra World Tree fino a quando The Evil One emerse da un meteorite caduto. The Evil One trasformò quindi i nani in mostri contro la loro volontà e li mise contro gli Elfi. Il Re dei nani, Grieve, inghiottì la sua spada magica prima di essere trasformato, nascondendola nel proprio corpo per impedire a The Evil One di impossessarsene. È solo con questa spada che The Evil One può essere distrutto. Il suo viaggio lo porta in quattro aree del mondo di gioco: il contraforte dell’albero, l’interno del tronco, i rami dell’albero e infine la roccaforte montana dei nani.