La storia è ambientata nel 2062, otto anni dopo una grande guerra tra colonie spaziali. Il giocatore prende il ruolo di Tadashi, un operatore di mech pesanti con base sulla Terra. Dopo aver acquistato un mech da lavoro per la sua attività con la sua fidanzata Elina, scoprono che in realtà si tratta di un "Metal Slader", un mech di grado militare usato durante la guerra. La macchina contiene un messaggio segreto che avverte che la Terra è in pericolo e di cercare il "creatore". Tadashi, Elina e sua sorella minore Azusa decidono di volare verso le vicine stazioni spaziali e colonie situate vicino alla Terra e alla Luna per indagare sulle origini del mech e sul significato del misterioso messaggio. Tadashi e l'equipaggio scoprono presto che il loro Slader è un modello unico e particolarmente potente chiamato "Glory", e che il padre defunto di Tadashi ne era il precedente pilota. Mentre continuano a cercare chi potrebbe aver progettato o costruito Glory, un alieno mutaforma si infiltra nella loro nave e rapisce Azusa. Nella loro ricerca di Azusa e nel risolvere i misteri di Glory, scoprono un'organizzazione segreta di piloti Slader che avevano lavorato con il padre di Tadashi. Catty, una delle capi dell'organizzazione, spiega che sono stati fondati da un designer di Slader ora defunto. Spiega anche come la guerra di otto anni fa non sia stata combattuta tra colonie ma con gli extraterrestri; la storia della ribellione delle colonie era una copertura. Poiché gli extraterrestri hanno la capacità di assumere l'aspetto degli umani e infiltrarsi nella società, i piloti Slader preferiscono restare un'organizzazione segreta lontana dal governo potenzialmente compromesso. Prosegue, affermando che presto lanceranno un attacco contro gli extraterrestri e che Tadashi vi parteciperà poiché è l'unico in grado di pilotare Glory. Tadashi acconsente, ma prima partono alla ricerca di Azusa. Tadashi, Elina e Catty viaggiano verso una colonia abbandonata per cercare Azusa. Dopo aver combattuto con diversi alieni, trovano Azusa viva e intrappolata in un condotto di ventilazione. Mentre tornano alla base segreta, scoprono che la sua posizione è stata compromessa. Scappano su una grande nave e preparano gli Slader per la battaglia. Tadashi pilota Glory in una battaglia contro gli extraterrestri e riesce infine a distruggere la loro astronave e a salvare la Terra.