La trama di Zombie Nation si svolge nel 1999, quando un meteorite noto come "Darc Seed" (Eva nella versione giapponese) precipita nel deserto del Nevada. Darc Seed/Eva poi spara raggi magnetici e trasforma le persone degli Stati Uniti in zombie. Darc Seed/Eva porta anche in vita la Statua della Libertà per farle seguire i suoi comandi. I raggi magnetici permettono anche a Darc Seed/Eva di controllare molte armi mortali, inclusa l'arma più potente di tutte: la leggendaria spada samurai Shura. Il capo del samurai Namakubi viene a sapere che Shura è caduto nelle grinfie di Darc Seed. Poi si dirige negli Stati Uniti per distruggere Darc Seed, liberare gli americani dall'imminente zombificazione e riappropriarsi della spada samurai Shura.