Una luce brillante si alzò dalla Darm Tower alla fine del primo Ys, e Adol Christin fu svegliato da una giovane ragazza che lo trovò sdraiato a terra. Lei si presenta come Lilia e dice ad Adol che si trova nella terra di Ys. Finalmente è riuscito a stabilire una connessione tra il suo mondo e questa terra misteriosa! Ma trovare il portale per Ys non basta: Adol deve fermare un'entità malvagia che il suo arcinemico Dark Fact ha servito.