Mentre le Allied Nations erano ancora in ripresa dalla guerra in Cosmo Land, la Black Hole Army si era già ripresa e ha deciso di lanciare una grande invasione su Macro Land. Insieme ai COs dell'original Black Hole Army, furono reclutati quattro nuovi COs, sotto il comando di Sturm. Sturm ordina a ciascun CO del Black Hole di invadere e catturare ciascuno dei quattro continenti controllati dalle quattro altre armate del gioco originale: Orange Star doveva essere conquistata da Flak, Blue Moon da Lash, Yellow Comet da Adder e Green Earth da Hawke. Lash ha anche inventato diverse nuove armi da guerra come il Black Cannon e i Mini Cannons che sarebbero state impiegate in questa invasione. Le quattro Allied Nations devono ora lavorare insieme per scacciare Black Hole dal loro mondo una volta per tutte. Una volta che le truppe di Black Hole sono scacciate dai continenti delle Allied Nations, i loro COs si riuniscono nel territorio di Black Hole, vicino alla base di operazioni di Black Hole. Qui combattono Sturm, il cervello dietro l'invasione. La battaglia finale si svolge davanti al Death Ray, una potente nuova arma che protegge l'ingresso a un missile, il quale, se non domato in tempo, distruggerebbe metà di Wars World. Il Death Ray viene infine distrutto dai COs delle Allied Nations, che riescono a disarmare il missile e ad accerchiare Sturm. In un atto di disperazione, Sturm tenta di far esplodere la base e infliggere danni a Wars World autodistruggendo il missile. Andy tenta di fermare Sturm invano. Tuttavia, in uno sorprendente giro di eventi, Hawke, secondo in comando di Sturm, tradisce il suo leader uccidendolo con Black Storm prima che l'autodistruzione venga attivata. Hawke prende il posto di leader di Black Hole e, insieme a Flak, Lash e Adder, lascia Macro Land con i pochi soldati che gli restano.