Ambientato nel 1830, Circle of the Moon si svolge in uno dei universi immaginari della serie Castlevania. La premessa della serie originale è il conflitto eterno tra i cacciatori di vampiri del clan Belmont e il vampiro immortale Dracula. Il protagonista di Circle of the Moon, tuttavia, è Nathan Graves, i cui genitori morirono circa un decennio fa per bandire Dracula. Morris Baldwin, che aiutò nel bandire Dracula, lo addestrò a sconfiggere Dracula e i mostri; Morris alla fine lo scelse come suo successore e gli affidò la Hunter Whip, con il dispiacere di Hugh, figlio di Morris che si allenava al suo fianco. In un vecchio castello, Camilla, una seguace di Dracula, lo riporta in vita, solo per essere interrotta dall'arrivo di Morris, Nathan e Hugh. Prima che riescano a bandirlo di nuovo, Dracula distrugge il pavimento sotto Nathan e Hugh, facendoli precipitare giù in un lungo tunnel. Sopravvissuto alla caduta e desideroso di trovare suo padre, Hugh lascia Nathan indietro. Nathan procede a cercare il castello per trovare il suo mentore. Lungo la strada, scopre che nella prossima luna piena l'anima di Morris verrà usata per riportare Dracula al pieno potere. Incontra periodicamente anche Hugh, che diventa sempre più ostile man mano che il gioco avanza. Alla fine, Nathan incontra Camilla, che insinua che lei e Dracula siano responsabili dei cambiamenti nella sua personalità. Nathan sconfigge Camilla nella sua forma vera e si riunisce con Hugh ancora una volta. Vedendolo, Hugh attacca immediatamente con l'obiettivo di provare a suo padre il proprio valore tramite la sconfitta di Nathan; Nathan, però, si rende conto che Dracula sta controllando Hugh. Nathan lo sconfigge, e il controllo di Dracula su Hugh si spezza. Confessando di aver dubitato del proprio valore quando Nathan fu scelto come successore, Hugh lo incarica di salvare Morris. Arrivato nella sala cerimoniale, Nathan affronta Dracula, che conferma di aver manomesso l'anima di Hugh per provocare i cambiamenti nella sua personalità. Iniziano a lottare e a metà scontro, Dracula si teletrasporta via per ottenere il suo potere pieno. Hugh poi libera suo padre e affida a Nathan l'incarico di bandire Dracula. Nathan prosegue la battaglia e sconfigge Dracula; sfuggito al castello in rovina, si riunisce con Morris e Hugh. Nathan è dichiarato maestro cacciatore di vampiri da Morris. Hugh giura di addestrarsi nuovamente sotto la guida di Morris a causa del suo fallimento.