Dexter ha creato l'invenzione definitiva - The Clone-a-matic - ma sua sorella maggiore Dee Dee si è intromessa di nuovo e si è accidentalmente clonata. E non c'è solo una di lei. Dexter's Laboratory è infestato da mini-Dee Dee determinate a distruggere i meravigliosi esperimenti di Dexter - che incubo! Sta ai giocatori aiutare Dexter a catturare le Dee Dee, riportare il laboratorio alla normalità e far tornare Dee Dee alla sua identità singola prima che la mamma chiami a cena.