La scena del prologo ritrae una notte autunnale mentre un ragazzo di 15 anni (il protagonista del gioco) è in fuga da due ufficiali di polizia. Un uomo, rispettato dalla polizia, decide di occuparsi della situazione da solo. L'uomo porta il ragazzo in una caffetteria, dove il ragazzo spiega che è scappato dall'orfanotrofio per trovare dove si trovano i suoi genitori. L'uomo si presenta come un investigatore privato di nome Shunsuke Utsugi, e convince il ragazzo a diventare il suo assistente. Qualche mese dopo, Utsugi e il protagonista ricevono una telefonata per esaminare una scena del crimine. La vittima dell'omicidio è una studentessa del primo anno di scuola superiore di nome Yoko Kojima. Il protagonista inizia a raccogliere informazioni da Ushimitsu High School per risolvere il caso di Yoko e collegarlo al caso Genjiro Kaneda, con l'aiuto dei due amici di Yoko al liceo: una ragazza di nome Ayumi Tachibana e un ragazzo di nome Hitomi Kawaii. Presto emerge che Yoko stava approfondendo un'indagine su "The Tale of the Girl Who Stands Behind," una voce su un fantasma di una ragazza coperta di sangue che sta dietro a uno studente, e i tre si mettono all'opera per scoprire la verità dietro questa voce.