Final Fantasy IV Advance è in gran parte basato sulla versione WonderSwan Color. Alcune modifiche includono l'aggiunta di ritratti dei personaggi nelle finestre di testo, la possibilità di cambiare i membri del gruppo, una difficoltà aumentata e nuovi dungeon con nuovi oggetti e armi, insieme a nuovi boss. La sceneggiatura ha ricevuto una retraduzione più fedele al materiale originale. È presente la Quicksave, che permette al giocatore di salvare la posizione attuale (indipendentemente da dove) in un file che viene eliminato al caricamento.