Il gioco si svolge sul continente di Elibe, ambientato venti anni dopo il suo prequel, Fire Emblem: The Blazing Blade, con protagonista il figlio del protagonista Eliwood, Roy. Mille anni prima degli eventi del gioco, la terra di Elibe fu teatro di The Scouring, una brutale guerra tra umani e draghi per il controllo della terra. Verso la fine di questa guerra, l'umanità forgiò nove potenti armi spezzadraghi, le Divine Weapons e la Binding Blade, e le affidò a otto potenti combattenti che divennero noti come gli Eight Legends per usarle per porre fine alla guerra. Tuttavia, la potenza pura insita nelle armi, quando si scontrarono con il potere dei draghi, spezzò l'equilibrio delle leggi della natura, un fenomeno in seguito chiamato Ending Winter. Dopo la guerra, temendo il potere delle armi e la possibilità che qualcuno le usasse per provocare una catastrofe, le armi furono sigillate in nascondigli sparsi per il continente. Nel corso di mille anni, le armi rimasero indisturbate, e il continente fu per lo più in pace. Tuttavia, questa pace fu presto interrotta quando Bern invase improvvisamente Sacae e Ilia e prese rapidamente il controllo dei due paesi. Poi si volsero verso il piccolo paese di Lycia. Roy guidò quindi l'esercito della Lega di Lycia contro le forze del paese militante Bern poco dopo che suo padre si ammalò.