Ambientato nell'universo di Suikoden, il gioco segue da vicino la storia di Suikoden II. L'eroe è un giovane membro della Unicorn Brigade dell'Highland Army. Una notte, il tuo campo viene attaccato. Tu e il tuo migliore amico Jowy fuggite, e il destino vi conduce in direzioni diverse, quando vi trovate coinvolti in una guerra tra diverse nazioni. A differenza dei giochi principali di Suikoden, Gensō Suikoden Card Stories è un RPG basato su carte. Gran parte del gioco si svolge giocando a un apposito gioco di carte contro i tuoi avversari. Il complesso gioco di carte non è molto diverso da una battaglia strategica: avete tre tipi di carte, alcune delle quali vi conducono a una specifica "missione" (apri il gioco con tali carte), mentre altre rappresentano vari personaggi con diverse forze e debolezze. Puoi acquisire carte nei negozi, ottenerle dai tuoi avversari e cercarle anche in labirinti generati casualmente.