Blue e Red, i protagonisti principali di Gunstar Super Heroes, devono ancora una volta impedire che una pietra di grande potenza cada nelle mani di un impero malvagio deciso a risvegliare il Dio della Rovina. Blue e Red affrontano la stessa avventura percorrendo percorsi differenti, offrendo di fatto due esperienze di gioco uniche. I giocatori affronteranno sei livelli incredibilmente ingegnosi e dovranno fronteggiare boss giganteschi che riempiono l'intera schermata del Game Boy Advance.