Klonoa Heroes è il penultimo gioco della serie, ambientato in un universo alternativo rispetto agli altri giochi. Qui, Klonoa vive nella sua città natale Breezegale e mira a diventare un vero eroe. Il gioco inizia con lui e il suo amico Chipple, che cercano di strappare un fiore speciale, la Hikari Sakura (letteralmente la Sakura della Luce o Fiore di ciliegio della Luce) da un ramo d'albero. Si dice che il fiore sboccia solo in circostanze speciali, e la persona che lo possiede otterrà buona fortuna. Dopo aver ottenuto la Hikari Sakura, Klonoa viene informato da Popka, il suo piccolo amico simile a un cane, che diversi piccoli mostri hanno preso dimora intorno alla sua città, e Klonoa si affretta a mandarli via. Non molto tempo dopo averli sconfitti, Klonoa decide di visitare la sua amica, una sacerdotessa in addestramento di nome Lolo, che gli informa che altri mostri sono stati avvistati sulla Bell Hill, situata poco oltre il sentiero che conduce al santuario in cui sta studiando. Dopo aver promesso che tornerà sano e salvo, Klonoa si dirige verso la sommità della collina, solo per essere circondato da diverse piccole creature rotonde chiamate Moos. Proprio in quel momento, viene salvato da un giovane uomo in moto che si chiama Guntz.