Dopo Mega Man 8, l'ubicazione del Dr. Wily era ancora sconosciuta, e lui costruì un nuovo castello per preparare il suo ritorno. Ma un robot che si faceva chiamare King apparve, pianificando di conquistare la Terra, ritenendo che i robot non fossero destinati a servire semplicemente gli umani, ma che fossero superiori e quindi dovessero governare la Terra. King scacciò dal suo nuovo castello il Dr. Wily e rubò i dati dei robot creati dal Dr. Wily e dal Dr. Light per formare il proprio esercito di robot. Per fermare King, il Dr. Wily e Light stipularono una tregua e mandarono Mega Man e Bass per mettere fine alla ribellione di King. Quando King attaccò un museo dei robot per raccogliere i dati del museo per il suo esercito, Proto Man tentò di fermarlo, ma King lo tagliò in due con la sua ascia e fu portato al Laboratorio del Dr. Light per le riparazioni. Mega Man/Bass affrontarono King, ma lui si ritirò, sostenendo di non avere tempo per loro, e lasciò che il Green Devil si occupasse di loro. Mega Man e Bass partirono per fermare i piani di King.