Utilizzando uno stile RPG, devi guidare Mega Man attraverso vari livelli, sconfiggendo nemici lungo il percorso e raccogliendo i vari chip per potenziare le armi di Mega Man e altri oggetti. Esclusivi per questa versione, la White Version, sono chip appositamente sviluppati (chip di Classe Giga) che solo la White Version di Mega Man può utilizzare. Puoi anche scambiare vari chip tra i giocatori usando sia la Blue Version che la White Version di BN3. Altre differenze includono boss nemici esclusivi in alcune aree e uno stile di battaglia unico per ogni versione del gioco che Mega Man può utilizzare.