In Mega Man Battle Network 6, il padre di Lan ha ottenuto un trasferimento di lavoro e la famiglia si trasferisce a Cyber City, una città nota per condurre vari esperimenti tecnologici. Lan incontrerà nuove persone e stringerà nuove amicizie nel mondo reale, mentre Mega Man farà amicizia con Navis utili e incontrerà pericolosi nuovi nemici sul piano virtuale. Insieme affronteranno minacce molto più potenti e pericolose di quante ne abbiano mai affrontate.