Monster Rancher Advance è una simulazione di allevamento dei mostri che permette ai giocatori di allevare e personalizzare 440 tipi di mostri. Questi mostri possono poi essere messi alla prova in tornei all'interno del gioco, o farli combattere contro quelli di altri giocatori in modalità a due giocatori (tramite il cavo di collegamento GBA). I mostri vengono creati nel santuario del gioco mediante l'inserimento di lettere, numeri e simboli di punteggiatura. I giocatori iniziano con la possibilità di inserire fino a 4 caratteri per creare i mostri, e possono sbloccare la possibilità di usare fino a 8 caratteri ottenendo ranghi di allenatore più elevati. Parole diverse o combinazioni di caratteri non solo possono creare tipi differenti di mostri, ma anche ogni mostro può avere attributi e caratteristiche variabili, rendendo ciascuno unico. Poi i giocatori allenano i mostri scegliendo quali cibi somministrare, quali esercizi svolgere per aumentare gli attributi, a quale addestramento inviarli per imparare nuovi attacchi e quali oggetti dare loro. Il gioco inizia con una somma modesta di denaro con cui è possibile acquistare cibo e oggetti; si guadagna più denaro nei tornei. Il gameplay ruota attorno alla pianificazione delle sessioni di allenamento, all'aggiunta di nuovi attacchi e alla gestione del conto in banca, insieme al tentativo di vincere i tornei. Con l'età, i mostri possono essere aggiunti a uno staff di allenatori per aiutare a far crescere nuovi mostri con attributi migliori, oppure possono essere combinati con altri mostri per ottenere cuccioli più forti. I mostri non muoiono in questo gioco, tuttavia devono affrontare un'età di pensionamento imposta. C'è una trama, in cui alcuni personaggi dei precedenti Monster Rancher tornano e ne vengono introdotti di nuovi. Il gameplay stesso, come nella maggior parte degli altri giochi Monster Rancher, è di tipo non lineare. La modalità a due giocatori, che richiede il cavo di collegamento e due copie del gioco, permette ai giocatori di mettere a confronto i mostri che hanno allevato tra loro. Consente inoltre di scambiare oggetti e denaro, di scommettere oggetti o denaro sui tornei e di scambiare i mostri allevati portandoli nei file di gioco dell'altro giocatore.