Mother EarthBound Beginnings segue il giovane Ninten, mentre usa i suoi studi sul potere psichico del bisnonno per combattere oggetti ostili, un tempo inanimati, e altri nemici. La sua avventura lo porta a fare nuove amicizie e, infine, a svelare un complotto alieno che deve essere fermato. Mother 2 La storia inizia quando Ness viene svegliato da una meteora che è precipitata sulla Terra vicino a casa sua, e lui procede a indagare sul luogo dello schianto. Arrivato al sito dello schianto, scopre una barriera della polizia e Pokey Minch, il suo amico e vicino, che gli dice di tornare a casa. Più tardi, Ness viene svegliato di nuovo da Pokey che bussa alla sua porta, chiedendo aiuto per trovare suo fratello Picky. Lo trovano vicino alla meteora, mentre dorme dietro un albero, e lo svegliano. Poi i tre incontrano un insetto proveniente dalla meteora chiamato Buzz Buzz, che informa Ness di provenire dal futuro in cui il 'distruttore cosmico universale', Giygas, domina il pianeta. Buzz Buzz intravede un grande potenziale in Ness e gli indica di intraprendere un viaggio per cercare e registrare le melodie di otto 'santuari', unire i propri poteri a quelli della Terra e ottenere la forza necessaria per confrontarsi con Giygas.