Mother 3 è ambientato nelle Nowhere Islands, alcuni anni dopo EarthBound. Il caos esplode dopo un'invasione della Pigmask Army, chiamata così per le uniformi che ricordano i maiali, e guidata dal suo leader, Porky Minch, il 'Pig King'. Costruiscono lentamente uno stato di polizia, mentre conducono esperimenti sulla flora e sulla fauna della terra e introducono nuove tecnologie e infrastrutture nelle isole. I vari capitoli raccontano la vita di un ragazzo di nome Lucas e della sua famiglia e dei suoi amici, che si uniscono per liberare le Nowhere Islands dalla Pigmask Army.