Il gioco inizia con SpongeBob che scopre che Plankton sta conquistando Bikini Bottom con giganteschi aspiratori. Goddard esce da un portale dietro la casa di SpongeBob e gli mostra un messaggio di Jimmy Neutron. Seguendo Goddard attraverso il portale, incontra Jimmy Neutron, Timmy Turner e Danny Phantom nel laboratorio di Jimmy. Jimmy ricopre SpongeBob di umidità auto-rigenerante per impedirgli di disidratarsi. Jimmy spiega che la sua ultima invenzione, l'Universe Portal Machine, è stata copiata dal Professor Calamitous, il quale ha formato un Syndicate con Plankton, Vlad Plasmius e Denzel Crocker, e sta già rubando energia dai loro mondi. Gli eroi tentano di teletrasportarsi a Casper High, ma arrivano nel castello di Vlad, dove egli rivela che il suo portale dei fantasmi sta sottraendo energia dalla Ghost Zone e ha catturato i genitori di Danny. Vlad stordisce il gruppo e li imprigiona nella Ghost Zone Prison. Facendo amicizia con il Box Ghost, gli eroi fuggono dopo aver sconfitto Walker. Danny guida gli eroi al portale dei fantasmi di Fenton Works e incontrano Sam Manson e Tucker Foley. Al ritorno al castello, la banda distrugge i generatori del portale. Danny possiede suo padre e usa i suoi Ghost Gauntlets per pestare Vlad, ma finisce per fuggire. Gli eroi si dirigono poi verso Bikini Bottom, usando la gomma d'aria di Jimmy per respirare sott'acqua. Sandy Cheeks li invia a Jellyfish Fields per incontrare Patrick Star, ma viene risucchiata in un raccolto per la cattura delle meduse. Dopo aver distrutto i raccoltori, il gruppo si ritrova sulla nave del Flying Dutchman. Danny lo convince a lasciarli andare in cambio di riportare indietro i suoi vecchi membri dell'equipaggio. All'arrivo al Chum Bucket, liberano Patrick e le meduse. Sul tetto, combattono contro Plankton, che pilota un gigantesco granchio robotico, per salvare Mr. Krabs, e scoprono che i cattivi hanno estratto energia per alimentare una Doomsday Machine. A Dimmsdale, gli eroi si infiltrano e disattivano l'alimentazione della fortezza dorata di Crocker. Poi si dirigono a Fairy World, dove incontrano Jorgen von Strangle, liberano le fate e sconfiggono Crocker, che pilota un exosuit, presso The Big Wand. Il gruppo torna quindi al laboratorio di Jimmy e incontra Cindy Vortex. Jimmy capisce quindi che Calamitous ha piazzato un flea-bot in Goddard per spiarlo. Gli eroi usano il raggio riducente di Jimmy per rimpicciolirsi ed entrare in Goddard, sconfiggere il flea-bot e hackerarlo per localizzare la tana di Calamitous. Gli eroi sconfiggono il Syndicate, e SpongeBob scollega la Doomsday Machine. Con Calamitous in prigione, Jimmy regala a ciascuno di loro un Neutronic Recaller in caso di un futuro incidente, e prendono strade diverse.