Robopon 2 si svolge dopo Robopon 2. Cody arriva sulla riva del Baba Village. Dopo aver reclutato un nuovo Robopon, parte per recarsi al torneo dei detentori del rango Legend1, ma viene trattenuto. Dr. Zero è sopravvissuto agli eventi dell'ultimo gioco grazie al viaggio nel tempo di suo fratello Dr. Zeke e ora possiede il rango Legend0. Per affrontarlo, Cody deve sconfiggere i detentori del rango di Majiko. Mentre molti di loro hanno nascosto gli XStones necessari per combatterli, Cody riesce a recuperarli tramite il viaggio nel tempo. Durante questo periodo, Cody affronterà tre cyborgi utilizzatori di Robopon creati da Dr. Zero. Infine, Cody incontra spesso Nick D, un personaggio comicamente inetto che cerca di ottenere una XStone da vendere per sostenere il suo orfanotrofio e duella con lui per averla.