Robopon 2 si svolge dopo Robopon 2. Cody approda sulla riva del Baba Village. Dopo aver reclutato un nuovo Robopon, si dirige verso il torneo dei detentori del rango Legend1, ma viene ostacolato. Dr. Zero è sopravvissuto agli eventi dell'ultimo gioco grazie al viaggio nel tempo di suo fratello Dr. Zeke e ora ha il rango Legend0. Per affrontarlo, Cody deve sconfiggere i detentori del rango Majiko. Mentre molti di loro hanno nascosto gli XStones necessari per affrontarli, Cody è in grado di procurarli tramite il viaggio nel tempo. Durante questo, Cody affronterà tre cyborg utenti di Robopon creati dal Dr. Zero. Infine, Cody incontra spesso Nick D, un personaggio comicamente inadeguato che cerca di raccogliere un XStone da vendere per sostenere il suo orfanotrofio e duella con lui per questi XStone.