Ambientata su un'isola indefinita, Dr. Eggman ha nuovamente iniziato a rapire animali e a trasformarli in robot, così da poter costruire l'Impero di Dr. Eggman. Questa volta, però, ha rapito anche Tails e Knuckles. Appresa la notizia del rapimento dei suoi amici, Sonic corre via per salvarli. Per strada, Sonic salva una giovane coniglietta di nome Cream e il suo amico Chao, Cheese, da Eggman dopo aver sconfitto il suo EggHammerTankII. Cream si unisce quindi a Sonic nella sua avventura per trovare sua madre scomparsa, Vanilla. Sonic salva presto anche Tails da Eggman, anche se Tails non ha idea di cosa stia tramando Eggman, e Tails si unisce a Sonic nella sua missione. Quando Sonic trova Knuckles, l'echidna è stato ingannato da Eggman facendolo combattere Sonic. Dopo essere stato sconfitto e rimproverato da Sonic, Knuckles si unisce a lui per vendicarsi di Eggman. Gli eroi alla fine rintracciano Eggman sulla stazione spaziale Egg Utopia, che distruggono; Cream trova Vanilla illesa in seguito agli eventi.