Subito dopo che un gruppo di Mouser Robots distrugge la vecchia casa delle Tartarughe, esse iniziano ad attaccare la loro nuova casa. Alla fine le Tartarughe rintracciano i robot fino alla fabbrica di Baxter Stockman, dove salvano la giovane April O'Neil. Dopodiché Michelangelo dà sui nervi a Raphael, costringendolo ad andare in superficie. In superficie, Raphael viene affrontato dai teppisti dei Purple Dragons e incontra Casey Jones, che odia altrettanto quella banda. Successivamente Stockman sviluppa per la Foot Clan dei Foot Tech Ninjas invisibili per catturare Raphael, costringendo le Tartarughe a salvarlo e Donatello a utilizzare un rilevatore di camuffamento per combattere correttamente i ninja invisibili. Successivamente vengono affrontati da esseri geneticamente mutati. Una volta che tutti e quattro i livelli sono stati completati, le Tartarughe attaccano la Foot Headquarters, dove combattono Hun prima di andare all'assalto del leader della Foot, The Shredder.