Nel marzo 2006, gli Stati Uniti hanno stabilito una presenza militare nel neonato stato indipendente di Timor Est per addestrare l'esercito timorese nella loro lotta contro le milizie di guerriglia indonesiane anti-secessioniste. La principale tra queste milizie è la Darah Dan Doa (English: Blood and Prayer), guidata dal carismatico Suhadi Sadono. Sadono, una volta addestrato dalla CIA per aiutare a combattere il comunismo nella regione, è diventato risentito del sostegno degli Stati Uniti a Timor Est e della sua presunta interferenza con la sovranità indonesiana. Sadono organizza un attentato suicida e un secondo attacco all'ambasciata degli Stati Uniti a Dili, catturando un certo numero di personale militare e diplomatico degli Stati Uniti, tra cui Douglas Shetland, un vecchio amico e compagno di Sam Fisher.