Il gioco inizia quando il giocatore e i suoi due amici, Yugi Muto e Joey Wheeler, si stanno preparando per il torneo Battle City del gioco di carte Duel Monsters. Per vincere il torneo, il giocatore deve ottenere sei Locator Cards, che si ottengono dopo aver battuto determinati personaggi in Duel Monsters. Dopo che tutte le Locator Cards sono state ottenute, il giocatore viene ammesso alle finali. Tuttavia, una persona misteriosa di nome Marik ha una banda di ladri di carte, nota come i Ghouls, che usa per ottenere le tre Carte degli Dei Egizi per portare il mondo nelle tenebre. I Rare Hunters di Marik alla fine prendono l'intera città. Anche il proprietario del negozio di carte lavora per Marik e cerca di uccidere il giocatore. Poi il giocatore incontra Ishizu Ishtar, che lo sfida a una partita di Duel Monsters, per vedere se è abbastanza forte da impugnare una carta degli Dei Egizi. Dopo che lei viene sconfitta, il giocatore deve battere Seto Kaiba, la persona che ha organizzato il torneo, per ottenere la prima carta degli Dei. Dopo che il giocatore arriva alle finali, che si svolgono su un dirigibile, duella contro Marik. Dopo che Marik viene sconfitto, si scopre che non era davvero Marik. Era in realtà uno dei servitori di Marik. Il vero Marik era la persona che il giocatore aveva incontrato all'inizio del gioco e che era diventato uno degli amici di Yugi: Namu. Poi, Marik inizia a rubare le anime di coloro che sconfigge. Dopo che Marik sconfigge Kaiba, il giocatore deve sfidare Yugi. Dopo che Yugi è stato sconfitto, il giocatore deve affrontare Marik. Il gioco non può essere salvato dopo averlo battuto, quindi una volta battuto, ricomincerà dall'ultimo punto di salvataggio.