Dopo aver ricevuto notizie di un attacco di mutanti in Nigeria, Randy Hernandez e Monique Dupre andarono a indagare insieme a Godzilla. Dopo essere passati oltre l'esercito nigeriano, Godzilla sconfisse El Gusano Gigante, portando la Dottoressa Elsie Chapman a scoprire che si nutriva di piante usate nella produzione di armi chimiche. Tornati a New York, Audrey Timmonds riferì di un microbo mangia-rifiuti che era andato in rampaggio. H.E.A.T. salì a bordo del Heat-Seeker mentre Godzilla faceva strada attraverso la città stessa. Ancora una volta, l'esercito tentò di fermarlo, ma non ci riuscì. Quando raggiunse la Creatura Nanotech, fu in grado di sconfiggerla, e questa si dispersò dalla sua forma conglomerata, spingendo Timmonds a lodare gli sforzi di H.E.A.T. nel sconfiggere la P.E.M.C. Qualche tempo dopo, la Dottoressa Chapman captò strane onde provenienti dalla vicina New Jersey. La mostrò al collega Dott. Mendel Craven, che le riconobbe come impulsi tachionici superluminali. Il team partì per New Jersey per investigare, lasciando Godzilla navigare lì sott'acqua, combattendo tra decine di sottomarini e grandi cefalopodi. Presto si trovò faccia a faccia con un Cryptocledius proveniente dall'altra direzione che lo attaccò con vocalizzazioni sonore. Non capendo cosa la bestia stesse facendo lì, Craven iniziò a indagare su di loro e determinò che si trattava di una sorta di segnale di soccorso proveniente dal fondo dell'Oceano Pacifico, e che aveva emesso segnali per 55 milioni di anni. Godzilla poi attraversò una città senza nome affrontando le consuete forze ostili finché non fu di fronte a un pipistrello gigante che gli arrecò gravi danni, ma fu in grado di costringerlo alla ritirata. H.E.A.T. poi si diresse verso Site Omega, un avamposto militare nel Pacifico. Godzilla lasciò quindi la città, combattendo contro enormi roditori oltre alle forze militari. Camminò quindi fino al Site Omega sul fondo dell'oceano, dove incontrò altri giganteschi cefalopodi e attaccanti sottomarini. Infine arrivò sull'isola e, superando un altro assalto militare, si trovò faccia a faccia con Cyber Godzilla, il cyborg resuscitato creato dal cadavere della madre di Godzilla.[1] Lei attaccò suo figlio con missili, ma fu infine messa fuori uso. Dopo la sconfitta di Cyber Godzilla, gli alieni che apparentemente erano presenti furono visti ritirarsi. Anthony Hicks si avvicinò a Nick e gli offrì la posizione di capo ricercatore sulle mutazioni incapacitanti laggiù sull'isola, ma Nick rifiutò per continuare a proteggere le mutazioni che non erano ancora state scoperte.