Il mondo del futuro è in tumulto. Il computer madre della pace è stato hackerato e un virus imperversa in tutto il mondo. Solo Mega Man X ha la capacità di attraversare otto livelli pericolosi nel cyberspazio, affrontare enormi boss lungo il percorso e ripristinare il computer madre al suo stato normale. Quando la situazione diventa troppo intensa, il compagno di Mega Man X, Zero, può essere evocato per aiutarlo a uscire dalle situazioni più pericolose. È una situazione X-treme che solo Mega Man X può risolvere!