Dopo gli eventi di A Link to the Past, l'eroe Link viaggia in nave verso altri paesi per allenarsi ad affrontare ulteriori minacce. Dopo essere stato attaccato in mare, la nave di Link affonda e lui si ritrova naufrago sull'Isola Koholint. Si risveglia vedendo una bella donna che lo guarda dall'alto e presto scopre che l'isola ospita un gigantesco uovo sulla cima di una montagna, dentro il quale abita il Wind Fish. A Link viene detto di risvegliare il Wind Fish e tutto sarà rivelato, così parte per un'altra missione.