Il Professor T. Bird e i tre Battletoads, Rash, Zitz e Pimple, stanno scortando la Principessa Angelica al suo pianeta natale a bordo della loro astronave, la Vulture, per farle incontrare suo padre, l'Imperatore Terran. Quando Pimple e Angelica decidono di fare un giro tranquillo sulla macchina volante di Pimple, vengono aggrediti e catturati dalla nave della Dark Queen, la Gargantua. La Dark Queen e i suoi scagnozzi si sono nascosti negli spazi bui tra le stelle, dopo la loro sconfitta contro la Galactic Corporation nella battaglia di Canis Major. Pimple invia quindi un segnale di soccorso alla Vulture, allertando il Professor T. Bird, Rash e Zitz. Scoprendo che la Gargantua è nascosta sotto la superficie di un pianeta vicino chiamato Ragnarok's World, il Professor T. Bird li porta lì sulla Vulture per salvarli. Tra i livelli, i rospi ricevono commenti di briefing dal Professor T. Bird, insieme alle prese in giro della Dark Queen. Il Professor T. Bird lascia cadere i rospi al primo livello, Ragnarok Canyon, la superficie del pianeta sorvegliata da maiali Psyko-Pigs armati di asce e draghi che il giocatore può sorvolare se eliminati per primi; il boss è il Tall Walker, che scaglia massi che gli eroi devono scagliare contro di lui mentre evitano i suoi laser. I rospi entrano poi nel mondo scendendo attraverso un Impact Crater a scorrimento verticale verso il basso, il secondo livello chiamato Wookie Hole, dove affrontano minacce di corvi che possono tagliare il Turbo Cable dei rospi, Retro Blasters che escono dai muri e sparano raggi elettrici, Electro Zappers che formano una linea di 2.000 volt di energia, e piante chiamate Saturn Toadtraps che mangiano i rospi. Le fasi di guida includono la terza tappa, Turbo Tunnel, dove i giocatori devono schivare muri di pietra mentre sono a bordo di una Speed Bike e devono usare rampe per attraversare ampi vuoti; il quinto livello, Surf City, dove il giocatore rimbalza sulle superfici d'acqua su una "Space Board" mentre evita tronchi, vortici, mine e palle spinose; il settimo livello, Volkmire's Inferno, dove i rospi volano sul Toad Plane in un ambiente di fuoco attraversando Campi di Forza e schivando palle di fuoco e razzi; e l'undicesimo livello, il Clinger-Wringer, dove i rospi cavalcano i monocicli omonimi del livello mentre sono inseguiti da una sfera energetica ipnotica, chiamata Buzzball. Tutti hanno una sezione di gameplay beat 'em up, con Surf City come location di uno scontro con il boss Big Blag, capo dell'esercito di ratti della Dark Queen che può schiacciare i Battletoads con il suo pesante colpo di grasso, e Buzzball che funge anche da boss di Clinger-Wringer.