Dopo la sua schiacciante sconfitta subita per mano dei Battletoads sul Mondo di Ragnarok, la regina oscura, umiliata, si è data alla fuga verso i confini dell’universo. Sono passati mesi... e la minaccia di vendetta lanciata dalla Regina è diventata un ricordo lontano per il Professor T. Bird e i Battletoads - Zitz, Rash e Pimple. Tuttavia, quando un misterioso raggio energetico proveniente dallo spazio esterno rende impotente la potenza militare della Terra, e una navicella spaziale delle dimensioni di una città chiamata Colossus esce dalla luna, il Professor sa che si tratta della Dark Queen che sta tentando la sua ultima mossa per dominare la galassia. Ha ragione, naturalmente, ma ciò che non capisce è che questa volta la signora losca non si lascia sfuggire nulla e si è astutamente alleata con l'altrettanto losco Shadow Boss! Ciò significa che i Battletoads dovranno affrontare non solo la Regina e i suoi scagnozzi, Generale Slaughter, Big Blag e Robo Manus, ma anche Abobo e Roper, i lacché dello Shadow Boss! Quindi ecco come stanno le cose: la Dark Queen ha un serio contingente di supporto e ora sta venendo per conquistare la tua Terra — cosa ne farai? In primo luogo farai in modo che i fronti siano pari! Quei terrificanti gemelli, Billy e Jimmy Lee, noti anche come la Double Dragon, sono impazienti di entrare in azione, soprattutto poiché lo Shadow Boss è il loro acerrimo nemico!