All'inizio del gioco, Huey corre da suo zio Scrooge McDuck con un pezzo strappato di carta, che è un pezzo di una mappa del tesoro disegnata da Fergus McDuck. Ispirato a scoprire il tesoro nascosto lasciato da Fergus, Scrooge inizia una spedizione per trovare i pezzi mancanti, ignaro che il suo acerrimo nemico Flintheart Glomgold stia anche lui a caccia del tesoro perduto dei McDuck. Scrooge viaggia nelle Cascate del Niagara, su una nave pirata nel Triangolo delle Bermuda, a Mu, in Egitto e in Scozia. Ogni area ha il proprio tesoro unico che è custodito da un boss. Dopo che i cinque livelli principali sono stati superati, Webby viene rapita da Glomgold e tenuta in ostaggio sulla nave pirata nel Triangolo delle Bermuda. Scrooge arriva e consegna i tesori a Glomgold, solo per scoprire che questo 'Glomgold' è in realtà un robot capace di cambiare forma chiamato D-1000 programmato per distruggerlo. Dopo che il D-1000 è stato sconfitto, Glomgold affonda la nave e cerca di trascinare con sé Scrooge e i tesori.