Nell'anno 20XX d.C., il mondo è in pace grazie a Mega Man. Il quarto tentativo di dominazione mondiale da parte di Dr. Wily è fallito e il suo nome è di nuovo svanito dalle menti dei cittadini del mondo. Qualche mese dopo... (Rock and Roll stanno camminando in un campo e all'improvviso appare di fronte a loro un misterioso robot.) Terra: "Allora, tu sei il famoso Mega Man! Io sono Terra - e presto sarai mio schiavo!" (Roll si ritira e Rock si trasforma in Mega Man per combattere contro Terra, ma anche lo sparo caricato non ha alcun effetto su di lui e viene sconfitto.) Mega Man: "Cosa?! Il mio Mega Buster non ha alcun effetto su di lui..." Qualche ora dopo, il mondo fu attaccato da robot guerrieri provenienti dallo spazio. Mega Man (risvegliandosi): "Dove sono?" Dr. Light trovò Mega Man e lo dotò del nuovo "Mega Arm". L'arma più potente mai concepita. Perché i Stardroids sono venuti qui!? Dr. Light: "Mega Man, il nostro mondo è di nuovo nel caos. I robot alieni si chiamano Stardroids e hanno conquistato la maggior parte delle nostre grandi città. Sono costruiti con materiale alieno che rende inutili le nostre armi. Ma ho fatto alcune analisi e ho costruito una nuova arma per te. Essa sostituirà il tuo Super Mega Buster. Si chiama "Mega Arm" e ti permette di caricare energia nel pugno prima di spararla. Ho anche creato un nuovo assistente per te. Il suo nome è "Tango". Migliorerò questo replicatore di oggetti per produrre oggetti potenti per te. Raccogli quante più P Chips possibile e torna nel mio laboratorio per scambiarle con oggetti potenzianti. Buona fortuna, Mega Man."