Darius II si svolge qualche tempo dopo il primo gioco di Darius. Il pianeta colonizzato Darius sta recuperando dall'invasione operata dall'alieno Belser Army, grazie agli eroi di quel gioco Proco e Tiat. Gli abitanti di Darius si sono da allora sistemati sul pianeta Olga, mentre le società di Darius, l'architettura e le aree attaccate venivano riparate. La sede del volo spaziale istituita su Olga intercetta un segnale SOS proveniente dalla Terra, dove i primi coloni originarono prima di colonizzare Darius. Il segnale includeva la descrizione di astronavi aliene simili a quelle della Belser Army. Supponendo che questi possano essere i loro rimanenti antenati terrestri, gli abitanti di Darius inviano sia Proco Jr. sia Tiat Young per aiutarli.