Questo rilascio del 1991 era inteso per coincidere con il 25° anniversario della serie televisiva degli anni Sessanta. La trama di questo Trek si concentra su una gigantesca "Doomsday Machine" che sta distruggendo navi, pianeti e altre preziose risorse nello spazio della Federazione. La Federazione ha costruito un'arma per sconfiggere la "Doomsday Machine", ma i Klingon pensano che venga usata contro di loro. Così rubano l'arma e la spezzano in 12 pezzi sparsi su tre pianeti. Spetta all'equipaggio dell'Enterprise viaggiare verso i tre pianeti, recuperare tutti i 12 pezzi dell'arma e infine fermare la "Doomsday Machine". Esistono due modalità di gioco. Per prima cosa c'è uno sparatutto a scorrimento laterale in cui piloti l'Enterprise attraverso campi di asteroidi e flotte nemiche. In secondo luogo, c'è un gioco con vista dall'alto in cui muovi Captain Kirk attorno al pianeta per raccogliere i pezzi dell'arma.