Il giocatore inizia il gioco prendendo il controllo di Michaelangelo, che deve salvare le altre tartarughe, insieme a Splinter e April O'Neil, che sono stati rapiti da Shredder. A differenza degli altri giochi basati sul franchise, questo è un gioco d'azione-avventura a scorrimento che ricorda Metroid, lo stesso The Goonies II di Konami e il Castlevania: Symphony of the Night, uscito in seguito. Ogni tartaruga ha una diversa abilità necessaria per completare il gioco. Michaelangelo può levitare usando i suoi nunchaku come elicottero, Leonardo può perforare il pavimento ruotando con la sua katana, Raphael può nascondersi dentro il suo guscio per entrare in passaggi che altrimenti sarebbero troppo piccoli, e Donatello può attaccarsi alle pareti e arrampicarsi. I boss sono Scratch, Dirtbag, un Triceraton, Scale Tale e Shredder (in questo gioco noto come Cyber-Shredder).