È l'Età delle Tenebre. Il malvagio Ganon ha catturato il giovane eroe Link. Solo la Principessa Zelda può salvarlo. Il suo viaggio sarà difficile, pieno di molte sfide e misteri. Armata solo dei consigli del saggio astronomo di corte Gaspra e della guida di Shurmak, Zelda deve intraprendere il suo viaggio nelle profondità della regione sud-orientale inesplorata di Hyrule, conosciuta come Tolemac. Prima che inizi, Gaspra la avverte che l'unico modo per salvare Link è raccogliere i sette Segni Celesti che Ganon ha rubato, e che deve superare un ostacolo finale: Ganon stesso. Una volta che avrà successo, acquisirà la conoscenza e la forza per salvare Link e porterà la terra magica di Hyrule all'Età della Luce.