Dopo che un'agenzia segreta a New York viene invasa da una minaccia ultraterrena, assumi il ruolo di un nuovo direttore, in lotta per riconquistare Control. Control è la storia di Jesse Faden e la sua ricerca personale di risposte, mentre cresce nel ruolo di direttore. Il mondo di Control ha la sua storia, così come gli alleati che Jesse incontra lungo il cammino. Jesse lavora con altri agenti del Bureau e scopre strani esperimenti e segreti.