Il gioco è ambientato in una versione reimmaginata del Giappone del tardo XVI secolo, periodo Sengoku. Alla fine dell'era Sengoku, il signore della guerra Isshin Ashina mette in atto un sanguinoso colpo di stato e si impadronisce della terra di Ashina. Durante questo periodo, un orfano senza nome viene adottato dal shinobi errante Owl, che gli dà il nome "Wolf". Vent'anni dopo, il clan Ashina è sull'orlo del collasso a causa di una combinazione del fatto che l'ormai anziano Isshin è caduto in malattia e dei nemici del clan che si avvicinano costantemente da ogni lato. Disperato nel trovare un modo per impedire la caduta del suo clan, il nipote di Isshin, Genichiro, cattura l'Erede Divino Kuro, nella speranza di usare la sua "Eredità del Drago" per creare un esercito immortale.