Titan Quest si basa sulla fine della comunicazione tra gli dei e l'umanità. Il personaggio principale (il cui nome e il sesso possono essere scelti dal giocatore) inizia la missione su una strada sterrata vicino a un piccolo villaggio chiamato Helos. Il mondo è stato invaso da belve e creature (in gran parte tratte dalla mitologia) che terrorizzano la campagna, devastando i raccolti, incendiando templi, invadendo villaggi e cimiteri, assediando città, ecc. Dopo essere stato inviato in missione a Delphi dal generale spartano Leonida, la storia ruota attorno all'ordine fittizio di Prometeo e ai suoi sforzi per ristabilire l'equilibrio nel mondo. L'eroe incontra centauri, arpie, automati, ragni e scorpioni, yeti, soldati non morti e altri mostri derivati dalla mitologia, che custodiscono ostinatamente la strada e cercano di impedirgli di raggiungere il prossimo villaggio o la prossima città. L'eroe deve occasionalmente affrontare mostri miniboss più forti, di solito come parte di una missione secondaria. Anche i boss compaiono a intervalli, di solito a guardia di un oggetto chiave della missione principale, di un dispositivo di trasporto, di PNJ della missione, ecc. Il giocatore affronta un nemico boss (chiamato Telkines) alla fine di ogni atto (Grecia, Egitto e l'Oriente) e affronta un boss finale sul Monte Olimpo, il Titano Typhon.