Durante la notte, quando i membri della S.E.E.S. vanno a dormire, si risvegliano nell'«Nightmare Hour», che è simile alla Dark Hour dai giochi principali. Durante questo periodo devono esplorare un dungeon simile a Tartarus chiamato Oneiros, l'ingresso del quale è una cavità vuota all'interno di un grande albero. Durante l'esplorazione di Oneiros, il gruppo incontra periodicamente dei boss Arche-Persona a intervalli di 20 piani. I primi due boss dipendono da chi ha nella sua squadra al momento di raggiungere quel piano. Le statistiche dei primi due boss sono fisse e non variano in base al livello. In ogni caso, le Arche-Persona di Fuuka e del Protagonista vengono sempre incontrate, rispettivamente, al sessantesimo e all'ottantesimo piano.