Incontra Professor Layton, archeologo di fama mondiale e appassionato di rompicapi. Il suo amico e mentore, Dr. Andrew Schrader, è misteriosamente deceduto dopo aver preso possesso della misteriosa Elysian Box. L'unica traccia è un biglietto del treno per il Molentary Express, trovato a casa del Dr. Schrader. Con la sua fedele assistente Luke al seguito, Professor Layton deve salire sul Molentary Express—ignaro dei segreti che lo attendono.