Ms. Accord, una insegnante alla Primp Magic School, ha perso la sua Flying Cane, l'equivalente di una bacchetta magica, e afferma di offrire una ricompensa allo studente che riuscirà a trovarla. Il giocatore interpreta Amitie o Raffine, due studenti della scuola, e si avventura nel mondo di Puyo Pop Fever per trovare la bacchetta, incontrando lungo la strada molti personaggi stravaganti e affrontandoli. Il percorso di Raffine contiene un gameplay più impegnativo e modifica i personaggi che il giocatore incontra, nonché quale personaggio trovi effettivamente la bacchetta. Giocando nei panni di Raffine verso la fine del gioco, si scopre che Accord in realtà non aveva mai perso la Flying Cane. Raffine allora progetta di rivelare il segreto tra lei e Popoi, ma fallisce nel suo finale, poiché viene messa fuori combattimento da Ms. Accord, perdendo tutti i ricordi dell'incidente legato alla Flying Cane. Riacquista la coscienza vicino alla sua scuola, dove Amitie e i suoi amici la congratulano.