Nell'aprile 2004, il presidente della Georgia viene assassinato, consentendo al miliardario georgiano Kombayn Nikoladze di prendere il potere con un colpo di stato senza spargimento di sangue. In agosto 2004, l'ex ufficiale della U.S. Navy SEAL e veterano della Guerra del Golfo Sam Fisher viene reclutato dalla National Security Agency per lavorare all'interno della sua divisione recentemente formata, "Third Echelon". Lavorando con il suo vecchio amico Irving Lambert, Fisher viene presentato all'esperta tecnica Anna "Grim" Grimsdóttír, e all'operatore sul campo Vernon Wilkes Jr. In ottobre 2004, Fisher viene inviato a Tbilisi, Georgia per indagare sulla scomparsa di due ufficiali della CIA. Fisher tenta di incontrare un informatore, Thomas Gurgenidze, solo per trovarlo morente in un edificio in fiamme. Gurgenidze avverte che la trasmissione di uno degli agenti menzionava una prova che potrebbe scatenare una guerra. Trovando i corpi degli agenti in una camera mortuaria della polizia, Fisher apprende che un ex membro della Spetsnaz, Vyacheslav Grinko, ha rimosso i loro impianti di tracciamento sottocutanei. Un'ulteriore indagine sul numero di targa di Grinko, condotta tramite la videosorveglianza (CCTV), conduce Third Echelon a rintracciarlo presso la sede del ministero della difesa della Georgia.